Автономная некоммерческая организация «Японский центр по развитию торгово-экономических связей» (далее - АНО «Японский центр») была создана в октябре 2000 года на базе уже действовавших в России «Японских центров» в Москве на территории Московской международной высшей школе бизнеса при Российской экономической академии им. Г.В. Плеханова («МИРБИС») (1994 год) и Московского Государственного Университета им. М.В. Ломоносова (1995 год), Хабаровске (1994 год),, во Владивостоке (1996 год), на Сахалине (1996 год), в Санкт-Петербурге (2000 год) и в Нижнем Новгороде (2001 год) согласно «Меморандуму между Правительством Российской Федерации и Правительством Японии о создании и деятельности на территории Российской Федерации Японских центров по техническому содействию проводимым в Российской Федерации реформам» от 20 сентября 2000 года. В настоящее время в структуру АНО «Японский центр» входят головной офис в Москве (на базе МГУ) и пять филиалов: в Санкт-Петербурге, Нижнем Новгороде, в Хабаровске, Владивостоке и на Сахалине.
Работа АНО «Японский центр» строится в соответствии с «Меморандумом между Правительством Российской Федерации и Правительством Японии о деятельности на территории Российской Федерации Японского центра по техническому содействию проводимым в Российской Федерации реформам» от 29 июня 2003 года и ряда других межправительственных документов.
АНО «Японский центр» является российским юридическим лицом, зарегистрированным в установленном российским законодательством порядке, и действует на основании Устава. При этом ее деятельность финансируется и направляется правительством Японии при посредстве Посольства Японии в России. Деятельность нашей организации способствует продвижению подготовки российских специалистов – будущей опоры развития экономики России, главным образом руководителей предприятий и бизнесменов.